Reference

All functions
CalculationInfo()	集計計算に用いるファイル名・スプレッドシートの列名 調査年と調査区名から返します VegetationSurveyYearsに基づきます 各調査期の列名が正しく入力されていることを確認してください。
DT_VCrepo()	報告書用植生調査集計表 Data Table of Vegetation Chronosequence
Domin_Krajina()	クロステーブル作成用 被度→被度階級(Domin_Krajina)
EncodingExchange()	csvファイルのエンコーディング変換
FieldNote_Arimine2019_raw	data/整理前の野帳生データ(サンプル) FieldNote_Arimine2019_raw
FieldNote_CheckCorrect()	野帳の整理をします。 生野帳データの階層クラスの確認、修正、未入力データの補完をします サブプロット、階層、種名の順でソートします。 サブプロットに同一種が複数ある場合は被度を合算し統一します
FieldNote_FormatArange()	スプレッドシートで入力した野帳データ・フレーム(tibble)を 列名の変更、項目追加し計算用に構成します
Fig_DominanceValue()	報告書用作図 総合優占度経年変化 Figure of chronosequence for dominant variance
Fig_FrequencyCoverage()	報告書用作図 出現頻度−平均被度
Fig_FrequencyDominace()	報告書用作図 出現頻度−総合優占度
FloraListMaker()	html植物目録の作成
ForestFloraCode()	森林調査での植物目録の各調査区における胸高断面積割合コードの作成 9-10はAに変換
ForestFloraMatrix()	森林調査での各調査区-出現全種の行列表
ForestTrees	data/ForestTrees
LandMarks	data/LandMarks 中島さんのデータ
NonNativePlants	data/ 立山外来植物調査(大田道人・山下寿之・吉田めぐみ)
PlotSpecies_1to4()	各調査区の1〜4期の出現種と各期被度合計 ※ 1期については Domin_Krajina
RData_ForestTrees()	data/RData
RData_LandMarks()	data/RData 中島さんのデータ
RData_PlotProfile()	data/RData
RData_VegetationSurveyYears()	data/RData 植生調査実施年
RData_flora()	立山植生モニタリング調査の植物目録
RData_sptype()	種の生活型と階層
RData_subplot_xy()	data/RData サブプロット
SpeciesNameCheck()	種の和名が植物目録floraに記載されているか確認します
SpeciesNameCorrect()	和名の置換 本調査の種和名はYList(米倉浩司・梶田忠 2007-)の第一和名に基づきます。 同種異名は本コマンドで置換表sp_excに基づき修正できます。
TateyamaVegetationPlots	data/ 立山植生モニタリング調査区一覧表
VC	data/ Vegetation chronosequence
VCrepo	data/ Vegetation chronosequence summary
VT	data/ 植生調査票(2020-2025) VT Vegtaion cross table for the period V (2020-2025)
VV5	data/ 1-5期調査区サブプロット植生調査生データ(リスト版) VV5 for the period I-V (2020-2025)
VegetationChronologyTable()	植生経年変化表 (粗表)
VegetationChronologyTable_report()	報告書用植生経年変化表
VegetationFloraCode()	植物目録の各調査区における植生被度分布コードの作成
VegetationFloraMatrix()	植生調査 調査区-出現種 出現頻度行列の作成 VCrepoより集計 10はAに変換
VegetationSurveyYears	data/ 植生調査年(スプレッドシート列ラベル)
VegetationTable()	報告書用植生表(被度・ドミン-クラジナ被度 両方対応)
VegetationTableList()	報告書用植生表リスト 全調査区1-5期 (被度・ドミン-クラジナ被度 両方対応) list of vegetation table of all plots and periods
allXYZ	data/allXYZ 調査区ランドマーク座標 (Nakajima)
flora	data/flora
flora_new()	植物目録floraの更新 flora → flora2 外来種追加の事例
forest_code	data/ 植生モニタリング調査(石田仁・中島春樹)
ggplot_contour_data()	Akimaのinterpで出力したコンタデータをggplotのgeom_contour で描画できるデータフレームに変換する関数
hindo()	頻度のギリシャ文字変換(小島書式)
html_family_label()	html科名ラベル html植物目録作成用 種名と科名を列に含んだデータフレームを入力し科名のhtmlラベルを出力する
html_science_name()	html書式 属名・種小名をイタリックにする
leg	data/leg 図凡例
plots_5periods_sum()	種の被度の時系列変化 (例 ササの経年変化作図) Change of coverage for floral types (life form species)
plt	data/plt
rasXYZ	data/各調査区等高線用ラスタデータrasXYZ
sp_exc	data/sp_exc 同種異名(シノニム)の変換表です sp_naからsp_na2に統一しました
sptype	data/sptype コード、生活型、 階層の略号表
subplot_xy	data/ 各調査地におけるサブプロットの位置座標
subplot_xy_ggtext()	樹木位置図 樹木位置・ラベル・種名・ランドマーク・コンタ・サブプロット・グリッド
subplot_xy_text()	各調査区におけるサブプロット位置 plotで描画したキャンバスにtextで上書きするコマンド
text_species()	各調査地の各調査期における出現種
topo	data/ 各調査区の沢や歩道の座標(中島さん)
topo_gg()	樹木位置図(ggplot ラベル情報なし) 調査用にはtreemapを利用してください
treemap()	植生調査用樹木位置図作成
treemap_ggplot()	樹木位置図(ggplt2) 木が混み合っていてもラベルが重ならないように図化
treesXYZ	data/ 各調査区樹木位置座標
vc5	data/ Vegetation chronosequence summary (data frame)
vegetation_code	data/ 植物目録各調査区頻度分布コード 植生モニタリング調査(小島覚・石田仁)
vv	data/ 1-5期調査区サブプロット植生調査生データ
vv4	data/ 1-4期調査区サブプロット植生調査生データ
vv5	data/ 1-5期調査区サブプロット植生調査生データ vv5 for the period I-V (2020-2025)
vv_sp_check()	特定種の野帳記録確認 これまでの調査でその和名を使っているか確認する